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人和未来宋卓:基因信息大数据北京赛车下 BT融

2019-01-05 06:55 admin

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  (原标题:人和未来宋卓:基因信息大数据下 BT融合IT诞生出的黑科技)

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  每一次技术革命都将带来时代的变革,也会孕育出新的事物。在国内外精准医疗和大健康战略的背景下,基于基因检测的各项科研、临床和健康管理应用蓬勃发展,形成了基因信息大数据。与旧为敌,与新为伍,4月22日,第四届全国计算生物学与生物信息学学术会议,在长沙超级计算中心拉开序幕。人和未来以“基因信息大数据应用技术湖南省工程研究中心”的名义参加会议,联合创始人兼CTO宋卓在会议中分享了最新的黑科技。

  然而在信息空前繁荣的今天,作为端坐在数字时代前沿的营销行业,却面临着越来越多的问题显然,天文数字的数据量让传统的人工工作模式遭遇到前所未有的挑战,创意的产生和前所未见的技术之间的快速对接、新的舆论环境和舆论模式对传统市场判断的挑战,都让人应接不暇。

  当年测一个人的基因组用了13年,花了30亿美金,是上个世纪的三大工程,而且是最后完成的工程,前两个是和能源,第三个是人类基因组计划。而今天,测一个人的基因组只需要不到7000元人民币。大量的基因信息数据油然而生,基因信息大数据应用过程中的存储、传输、计算、分析和解读的一系列问题亟待解决,所以在这个时间点BT和IT有了结合点,叫BIT。

  高通量测序技术产生的基因组数据已达PB级。其存储、传输、共享需要消耗大量的时间与成本,已成为制约基因大数据应用进一步发展的瓶颈。针对数据迁移的难题,开发了通用数据压缩打包系统(GTZ)。该系统采用高效“多流数据”存储结构,对包含任意基因测序数据的目录进行高压缩率的快速打包,形成单一文件,方便存储、传输和校验,并支持随机寻址。鉴于Fastq文件为基因序列基础数据格式,本系统自动识别该类文件并对其进行更高倍率压缩。实验和应用结果显示,该系统能在30分钟内将200GFastq文件压缩至25G,综合压缩效率是Gzip的20倍以上。

  二、网站内容采集不管是成立PC端仍是手机端网站,都需求在创建好网站之前征集到,对于有网站的企业,能够直接做好自适应,直接同步更新到移动端,但对于只要移动网站的企业来说,就要花点每时去收集网站内容了。网站的内容并不是越多越好的,首要的是要与行业拥有关联性。不能为了得到眼球随便摘抄少数时下新闻,一样的,网站内容也是咱们引来用户和蜘蛛的主旨店,故而不管是案例仍是新闻,质地都需求过关,如此对网站才能起到宣扬效应。

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  天神组游历不同世界进行基因实验,这其中就包括了地球,他们早期对地球人类祖先的实验造就了永恒者和异常者。实验也为人类留下了一些有益的变异基因,但是并非所有实验都能达到他们的预期,所以天神组判官阿瑞希恩和根除者艾克西塔就会根除星球。在他们之上负责监督他们的,就是ONE ABOVE ALL。

  首先是视觉效果,温子仁挺能整啊,不仅恐怖片拍的好,玩这种大制作也一点含糊。奇幻闪耀的海底世界,古老与现代完美结合的亚特兰蒂斯王国,还有逃亡国、渔夫国、海沟国等各具特色的异域风情,以及撒哈拉大沙漠、意大利纯美小镇等陆地美景,共同构成了一副绮丽壮观的画卷。海王一出场就各种“正面刚”,打人全部用撞、砸、摔、扔这些最粗暴、最野蛮、最原始的方式,还玩了一把“铁门盾牌”,这是要跟“美国队长”BATTLE一下吗?最为震撼的当然是海王与其兄弟的两次王位大战:海底角斗场的火环之战、海面飞船残骸上的风雨之战,还有海王驾驭海底巨兽卡拉森、召集海洋中的各种生物与四海联盟火拼,那场面真是炫目至极!具体点说,就是以“传说中的三叉戟”为线索展开的寻宝之旅,在这个过程中不断遇到挑战,打怪升级,一路成长,在美女媚拉与王后母亲两位传奇女性的引领下,明白了“英雄”的意义,并最终找回三叉戟,由败转胜,抢夺王位,保卫地球的故事!开场,亚特兰蒂斯女王与人类之间不同物种的结合,这是传说片,奇情片。亚瑟和媚拉寻找三叉戟的旅程又借鉴了夺宝片、冒险片、公路片的元素。后来在海沟国遇到一众怪物,并在地心藏海制服卡拉森,这一看就是温子仁最擅长的恐怖片、怪兽片范畴。然后整体上,《海王》肯定还是个超能英雄电影、动作电影、科幻+奇幻电影。最终海王与媚拉在一起,亚特兰蒂斯女王回到亚瑟父亲的身边,这又是纯爱片。不管是什么类型,反正观众们看的非常过瘾,几乎从头HIGH到尾。奥姆为什么要攻打陆地,七海为什么要联合起来?确实人类作为陆地上的霸主应该好好思考一下:污水、毒气、废物垃圾的无限制倾倒,污染了海洋环境,也同样污染着我们共同拥有的大自然。诚如女王所说:陆地与海洋本是一体!对啊!地球只有一个,我们是一个整体,WE ARE FAMILY!演员方面,海王这个肌肉男,一身腱子肉的大傻个,打起架来特别凶残,一头长发特别野蛮,有时还会冒出点二愣子般的傻气。人设跟漫威的“雷神”有一拼,好想看他们两个行走的荷尔蒙打一架!红发的媚拉公主,集美貌、性感、勇敢、智慧与大爱为一身,她操控水柱以及使用红酒之刺击毙敌人的段落也是帅呆了,而在战火之中她与海王的深情激吻也是本年度最销魂一吻。而妮可基德曼饰演的亚特兰蒂斯女王,无论是扮相还是打斗都颇为惊艳,只可惜她的人类老公实在有点挫,就不能给她找个更威武雄壮的陆地汉子吗?比如施瓦辛格!海洋之中媚拉、奥姆、亚瑟等人头发飘浮的样子做好的好细腻!而片中的很多场景、道具包括服装都是美轮美奂。比如海王弟弟的黄金战袍,海王最终的黄金鳞甲都超级有型,既性感又威武,于是想到日本知名动漫《圣斗士星矢》里的“黄金圣衣”造型,有了《海王》的成功,温子仁赶快拍“圣斗士”吧!我都等不及了!一定好看!

  我们构建了基于云服务(亚马逊AWS)的全基因组分布式弹性计算平台,能够根据计算需求自动扩展集群规模,缩小测序数据分析时间。同时,该平台能够根据亚马逊spotinstance的动态价格以最优的方式申请计算节点,最大限度降低计算费用。以人类基因组数据NA12878(55X,400G)为例,性能和经济性测试结果显示,本平台使用亚马逊AWS美国东部计算中心的300台EC2(250台ge+50台r3.8x.large)和S3存储服务,在18分钟左右完成了从Fastq到VCF全流程分析,计算费用约为16美元,且基因变异分析结果正确性符合业界标准。

  针对于信息处理量级较小,对于分析时间的灵活性和其他对信息保密性有相关政策限制的用户,我们研发了本地生物计算加速卡。依托于FPGA架构加速序列比对、变异分析等生物信息分析关键步骤,打造实时生物计算的新平台。已经完成的“染色体拷贝数变异分析”应用,加速比200倍,序列比对时间从3分钟缩短至1秒;在研的“全基因组分析”应用,加速比50倍,分析时间从30小时缩短至30分钟。

  为了辅助医学遗传学家们解读人类染色体拷贝数变异(CNV)和遗传疾病之间的关系,我们开发了CNVdigest(CNV与疾病关系数据库及Web服务)。基于文本挖掘技术和超算平台,本服务对PubMed海量文献中与人类CNV相关的4万篇文献进行系统化自然语言处理分析,提取了1600多个致病染色体区带(cytoband)和1100多个疾病的相关信息和相互关系。CNVdigest的Web服务系统前端界面简洁,接收用户三类输入(cytoband、疾病名称、文献ID)的查询,结果采用统计分析和图形化展示CNV异常和相关疾病的关系,并列出文献中支持这些关系的“证据”句子,方便用户迅速从已发表文献中查询、总结和研究CNV和疾病的关系。

  我们认为在不久的将来,利用人工智能来管理数字生命将是一件很平常的事情,但在这个进程中,基因信息大数据的应用将是很重要的中间环节。就像10年,15年前互联网行业一样,刚刚在兴起,充满着机会也充满着挑战。

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